Die Justizvollzugsanstalt Rottweil besteht aus der in Rottweil gelegenen Hauptanstalt sowie den Außenstellen Hechingen, Oberndorf und Villingen-Schwenningen.

Die Hauptanstalt in Rottweil ist für die Untersuchungshaft und Zivilhaft sowie den Vollzug von Freiheitsstrafen bis zu einschließlich sechs Monaten an erwachsenen Männern des Landgerichtsbezirks Rottweil, die Außenstelle Hechingen für Untersuchungs- und Zivilhaft an erwachsenen Männern des Landgerichtsbezirks Hechingen zuständig. Erwachsene männliche Untersuchungs- und Zivilhäftlinge der Amtsgerichtsbezirke Donaueschingen und Villingen-Schwenningen werden in der Außenstelle Villingen-Schwenningen inhaftiert. Die Außenstelle Oberndorf ist zuständig für den Vollzug von Jugendstrafen und Freiheitsstrafen nach § 114 JGG an Verurteilten, die einer Drogentherapie bedürfen.
Im Jahr 2018 ist die Anstalt mit durchschnittlich 132 Gefangenen belegt.

Derzeit stehen zur Betreuung und Behandlung der Inhaftierten rund 80 Personalstellen zur Verfügung. Zur Behandlung und Betreuung gehört auch die Arbeit in Unternehmer- und Versorgungsbetrieben, die etwa der Hälfte der Gefangenen angeboten werden kann. Die in Oberndorf inhaftierten Jugendlichen haben die Möglichkeit, die Schule zu besuchen. Da es an geeigneten Freizeit- und Sozialräumen mangelt, können insbesondere Sportveranstaltungen nur in bescheidenem Umfang durchgeführt werden. Ehrenamtliche Mitarbeiter bieten unterschiedliche Gesprächsgruppen an.